Sau khi học trung học ở Gdańsk, năm 1962 bà theo học ngành toán tại Đại học Warszawa. Bà học về mảng tô pô do Karol Borsuk đứng lớp và nềm đam mê tô pô học nảy sinh từ đó.[2][3]

Sau khi tốt nghiệp, Kuperberg bắt đầu nghiên cứu sau đại học tại Warszawa ở Borsuk, nhưng dừng việc học lại sau khi lấy bằng thạc sĩ.[2][3] Cô rời Ba Lan vào năm 1969 cùng gia đình mình đến sống ở Thụy Điển, sau đó chuyển đến Hoa Kỳ vào năm 1972.[1][2][3] Bà sau đó tiếp tục học lên cao hơn và nhận bằng Tiến sĩ vào năm 1974 tại Đại học Rice.[2][3][5] Cũng trong năm 1974 này, cô và chồng đều được bổ nhiệm vào giảng viên của Đại học Auburn.[2][3]